ก่อนพุทธศักราช 2545 การบริหารราชการโครงการชลประทานในเขตจังหวัดเพชรบุรีและประจวบคีรีขันธ์ขึ้นอยู่กับสำนักชลประทานที่ 10 จังหวัดกาญจนบุรีในเขตจังหวัดชุมพรและระนอง ขึ้นอยู่กับสำนักชลประทานที่ 11 จังหวัดนครศรีธรรมราช

          ต่อมามีคำสั่งกรมชลประทานที่ 490/2545 ลงวันที่ 11 พฤศจิกายน 2545 ตามพระราชกฤษฎีกาโอนงานการบริหารและอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการให้เป็นไปตามพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม และกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมชลประทาน กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ได้แบ่งส่วนราชการออกเป็น 25 สำนัก และ 6 กอง นั้น สำนักพัฒนาแหล่งน้ำ 5 เดิมซึ่งมีสำนักงานตั้งอยู่ ที่อาคารวิชาการ กรมชลประทานสามเสน กรุงเทพมหานคร ได้เปลี่ยนเป็นสำนักชลประทานที่ 14 และย้ายที่ทำการ สำนักงานรวมทั้งบุคลากรทั้งหมด มาตั้งสำนักงานชั่วคราวที่โครงการก่อสร้าง 1 บริเวณหัวงานโครงการอ่างเก็บน้ำแม่ประจันต์ อำเภอหนองหญ้าปล้อง จังหวัดเพชรบุรี เมื่อวันที่ 16 เดือน พฤศจิกายน พ.ศ. 2545

          ต่อมาเนื่องจากที่ทำการชั่วคราวสำนักชลประทานที่ 14 ที่ตั้งอยู่ที่บริเวณหัวงานโครงการอ่างเก็บน้ำแม่ประจันต์ ไม่สะดวก เนื่องจากห่างไกลจากถนนสายหลักและห่างไกลจากจังหวัดอื่น ๆ ที่ต้องรับผิดชอบดูแลงาน จึงได้ปรับปรุงอาคารพักรับรองของ โครงการส่งน้ำและบำรุงรักษาเพชรบุรี ที่ตั้งอยู่บริเวณถนนชมสินธุ์ อำเภอหัวหิน จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ และได้ย้ายที่ทำการชั่วคราว สำนักชลประทานที่ 14 มาอยู่ที่อำเภอหัวหิน จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ เมื่อวันที่ 14 เดือน กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2546

          เนื่องจากสำนักชลประทานที่ 14 ยังไม่มีที่ทำการถาวร จึงหาที่ดินที่จะก่อสร้างอาคารที่ทำการถาวร และอาคารบ้านพัก ข้าราชการและพนักงาน อำเภอปราณบุรีได้มอบที่ดินบริเวณหมู่บ้านเบญจพาส ตำบลวังก์พง อำเภอปราณบุรี ซึ่งเป็นที่ดินว่างเปล่า ลาดเชิงเขาเนื้อที่ประมาณ 150 ไร่ กรมชลประทานจึงอนุมัติให้ก่อสร้างอาคารที่ทำการถาวรสำนักชลประทานที่ 14 และได้ย้ายมาปฏิบัติงาน ณ ที่ทำการแห่งนี้ เมื่อวันที่ 25 เดือน มีนาคม พ.ศ. 2548 ตั้งแต่บัดนั้นเป็นต้นมา